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Afficher davantage de fils d'Ariane
Pierre LINDENBAUM
tdngs
Validations
888d1ee1
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888d1ee1
rédigé
4 years ago
par
Pierre LINDENBAUM
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cont
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94dbc9c6
Aucune branche associée trouvée
Aucune étiquette associée trouvée
Aucune requête de fusion associée trouvée
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1
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En ligne
Côte à côte
Affichage de
1 fichier modifié
workflow.mk
+1
-1
1 ajout, 1 suppression
workflow.mk
avec
1 ajout
et
1 suppression
workflow.mk
+
1
−
1
Voir le fichier @
888d1ee1
...
...
@@ -25,7 +25,7 @@ result.vcf.gz: result.bcf
bcftools call
--multiallelic-caller
--variants-only
--output-type
z
-o
$@
--format-fields
GQ,GP
$<
result.bcf
:
$(addsuffix .bam.bai
,
child father mother) $(addsuffix .bam
,
child father mother) ref.fa.fai
sam
tools mpileup
-g
--uncompressed
--output-tags
DP
--fasta-ref
ref.fa
--output
$@
$(
filter %.bam,
$^
)
bcf
tools mpileup
-g
--uncompressed
--output-tags
DP
--fasta-ref
ref.fa
--output
$@
$(
filter %.bam,
$^
)
$(
eval
$(
call mapreads,father
))
...
...
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