RnaSeq_Analysis est un script en R permettant de générer à partir de données d'alignement en entrée plusieurs résultats d'analyses approfondies sur les gènes qui ont été détéctés (Analyse en composante principale, analyse des gènes différentiellemnt exprimés entre deux conditions, etc.)
Le script se base sur 3 fichiers csv obtenues suite à l'analyse RnaSeq réalisé par la plateforme Genobird (Nantes). Les fichiers de présentes de la manière suivantes :
1. la table des gènes exprimés
| ensembl ID | Gene name |
| ------------------ | --------- |
| ENSMUSG00000000001 | Gnai3 |
| ENSMUSG00000000003 | Pbsn |
| ... | ... |
2. la table des échantillons
| Sample | Genotype | Treatment | Run/no run | Group |
Pour une utilisation correcte du script, veuillez suivre les indications suivantes:
## Arborescence des fichers
Dans le dossier racine, créez deux dossiers **Input** et **Output**, et placez dans le dossier Input vos 3 fichiers csv comme indiqué ci-dessous :
```bash
.
├── Input
│ ├── GeneTable.csv
│ ├── SampleTable.csv
│ └── TotalCountTable.csv
├── Output
├── config.yml
├── ReadMe.md
└── RnaSeq_Analysis.R
```
## Complétion du fichier de configuration
Avant de lancer l'analyse, veuillez remplir le fichier de configuration config.yml. Le nom du ficher ne doit pas être modifié. Chaque variable du fichier est expliqué à l'aide d'un commentaire.
## Lancement de l'analyse
L'analyse peut être lancé à l'aide de Rscript ou Rstudio.
