Ne pas dupliquer les échantillons en créant le fichier contextuel par défaut

Snakefile

@@ -243,6 +243,7 @@ def check_context():
         df = pd.read_csv(config["global"]["manifest"], index_col=0)
         df["sample_id"] = df.index
         df = df[["sample_id"]]
+        df = df.drop_duplicates()
         context_filename = config["global"]["manifest"].rsplit("/", 1)[0] + "/context.tsv"
         config["global"]["context"] = context_filename
         df.to_csv(context_filename, sep="\t")