Nantes Université

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Ajout de outSAMattrRGline cf :...

Pierre LINDENBAUM a demandé de fusionner pierre.lindenbaum/RNAseq_quantif_pipeline:master vers master

Ajout de outSAMattrRGline pour que les noms des échantillons soient contenus dans les BAM. Sinon ça plante pour des outils de gatk https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/6472/read-groups

pas testé.

cf : http://labshare.cshl.edu/shares/gingeraslab/www-data/dobin/STAR/STAR.posix/doc/STARmanual.pdf

string(s): SAM/BAM read group line. The first word contains the read groupidentifier and must start with ”ID:”, e.g. –outSAMattrRGline ID:xxx CN:yy”DS:z z z”.xxx will be added as RG tag to each output alignment. Any spaces in the tagvalues have to be double quoted

Modification effectuée par Pierre LINDENBAUM

Rapports de requête de fusion