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......@@ -131,18 +131,8 @@ $ gunzip -c DATA/child.R1.fq.gz | paste - - - - | cut -f 4 | grep -o . | sort |
Pour aller vite, nous nous contenterons des chromosomes 22 et de l'ADN mitochondrial humains.
* Si votre nom de famille commence avant la lettre 'L': Telechargez les séquences fa.gz **chr22** et **chrM** de la version **hg38/GRCh38** du genome humain.
```
$ wget -O chr22.fa.gz "http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/chromosomes/chr22.fa.gz"
$ wget -O chrM.fa.gz "http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/chromosomes/chrM.fa.gz"
```
* Pour les autres, telechargez les séquences fa.gz **chr22** et **chrM** de la version **hg19/GRCh37** du genome humain.
Telechargez les séquences fa.gz **chr22** et **chrM** de la version **hg19/GRCh37** du genome humain.
```
$ wget -O chr22.fa.gz "http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr22.fa.gz"
......@@ -821,16 +811,11 @@ Example:
Téléchargez le fichier d'annotation gff pour le chromosome chr22:
Si vous travaillez sur hg38:
```
wget -O annot.gff.gz "ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_gff3/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.101.chromosome.22.gff3.gz"
```
si vous travaillez sur hg19:
Pour hg19:
```
wget -O annot.gff.gz "ftp://ftp.ensembl.org/pub/grch37/release-99/gff3/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh37.87.chromosome.22.gff3.gz"
wget -O annot.gff.gz "http://ftp.ensembl.org/pub/grch37/release-99/gff3/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh37.87.chromosome.22.gff3.gz"
```
Les fichiers GFF utilisent la notation '22' alors que nos chromosomes utilisent 'chr22'. Nous allons donc ajouter ce prefix avec `sed` pour les lignes qui commencent par '22'
......
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