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# TP Next Generation Sequencing 2018
# TP Next Generation Sequencing 2019
Au cours de cette séance de TP nous allons chercher les mutations de novo d'un enfant dont l'exome ainsi que celui de ses deux parents ont été séquencés par la technologie Illumina. Il vous faudra aligner les reads sur un genome de reference, extraire les mutations, annoter ces variations.
Au cours de cette séance de TP nous allons chercher les mutations de novo d'un enfant dont l'exome ainsi que celui de ses deux parents ont été séquencés par la technologie Illumina. Il vous faudra aligner les reads sur un genome de reference et extraire les mutations.
Certaines étapes seront effectuées plusieurs fois (père, mère, enfant) je vous conseille donc de noter vos commandes (ou de le mettre dans un shell script, ou dans un fichier *Makefile* pour ceux qui maitrisent ces outils)
......@@ -8,9 +8,13 @@ Certains outils ont besoin de place; le cas échéant, faites de la place, videz
La version de l'outil samtools actuellement installée à la fac est une vieille version (1.2). Elle est suffisante pour ce TP mais les commandes avec la nouvelle version de samtools seront légerement différentes.
Le TP peut être long pour les débutants: concentrez vous sur la production du fichier VCF final, et cherchez à répondre aux questions de détails plus tard.
## Recupération des données FASTQ
Les données sont téléchargeables à l'adresse suivante : http://filex.univ-nantes.fr/get?k=PbitjcCjCWnfH1KqwET
Les donnees sont telechargeable a l'URL suivante:
https://uncloud.univ-nantes.fr/index.php/s/oEYQfdJQcReB7ez
Téléchargez et extrayez le fichier zip avec
......@@ -282,7 +286,7 @@ maintenant que l'index du génome de référence a été créé, nous cherchons
le synopsis de la commande bwa pour mapper les reads est :
```
bwa mem -R '@RG\tID:SAMPLENAME-aa\tSM:SAMPLENAME' reference.fa sample.R1.gz sample.R2.gz > sample.sam
bwa mem -R '@RG\tID:SAMPLENAME\tSM:SAMPLENAME' reference.fa sample.R1.gz sample.R2.gz > sample.sam
```
l'option `-R` permet de créer un **READ-GROUP** pour associer les reads à un échantillon (donc ici, remplacez SAMPLENAME par 'child').
......@@ -293,7 +297,7 @@ la sortie standard de cette commande est un fichier 'texte' **SAM**.
Mappez les reads de l'enfant `child.R1.fq.gz` et `child.R2.fq.gz` avec cette commande et redirigez la sortie standard vers un fichier `child_unsorted.sam`
```
bwa mem -R '@RG\tID:child-aa\tSM:child' ref.fa DATA/child.R1.fq.gz DATA/child.R2.fq.gz > child_unsorted.sam
bwa mem -R '@RG\tID:child\tSM:child' ref.fa DATA/child.R1.fq.gz DATA/child.R2.fq.gz > child_unsorted.sam
```
* Que renvoie la commande suivante ?
......
.PHONY: all zip
REG= "22:22707000-23803000" "MT:3910-4250"
BASE=
all: $(addprefix DATA/,child.R1.fq.gz mother.R1.fq.gz father.R1.fq.gz)
......
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