Commit 8d0b3da4 authored by Pierre LINDENBAUM's avatar Pierre LINDENBAUM 💬
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......@@ -282,7 +282,7 @@ maintenant que l'index du génome de référence a été créé, nous cherchons
le synopsis de la commande bwa pour mapper les reads est :
```
bwa mem -R '@RG\tID:SAMPLENAME-aa\tSM:SAMPLENAME' reference.fa sample.R1.gz sample.R2.gz > sample.sam
bwa mem -R '@RG\tID:SAMPLENAME\tSM:SAMPLENAME' reference.fa sample.R1.gz sample.R2.gz > sample.sam
```
l'option `-R` permet de créer un **READ-GROUP** pour associer les reads à un échantillon (donc ici, remplacez SAMPLENAME par 'child').
......@@ -293,7 +293,7 @@ la sortie standard de cette commande est un fichier 'texte' **SAM**.
Mappez les reads de l'enfant `child.R1.fq.gz` et `child.R2.fq.gz` avec cette commande et redirigez la sortie standard vers un fichier `child_unsorted.sam`
```
bwa mem -R '@RG\tID:child-aa\tSM:child' ref.fa DATA/child.R1.fq.gz DATA/child.R2.fq.gz > child_unsorted.sam
bwa mem -R '@RG\tID:child\tSM:child' ref.fa DATA/child.R1.fq.gz DATA/child.R2.fq.gz > child_unsorted.sam
```
* Que renvoie la commande suivante ?
......
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