Adapters trimming

Les adapters Illumina sont parfois présents dans les reads. Utiliser cutadapt avec l'option --p-adapter permet de les supprimer. Si on combine la suppression d'adapters avec la suppressions des primers de PCR, cutadapt conserve les séquences où le primer de PCR n'est pas trouvé mais l'adapter si. Ce comportement n'est pas souhaité.

Une décomposition en deux étapes est nécessaire. Trouver le moyen le plus élégant de le traiter.